Ndombele fue titular por tercera vez a las órdenes de Conte el domingo, cuando se alineó en el centro del campo en el encuentro de los Spurs con el Morecambe en la FA Cup.
Sin embargo, fue expulsado a falta de poco más de 20 minutos para el final del partido, cuando el Tottenham perdía por 1-0.
Ndombele tardó en abandonar el terreno de juego, y su delantero estrella, Harry Kane, pareció hacerle una señal para que se diera prisa.
El centrocampista se negó a mirar a su entrenador cuando abandonó el campo y se dirigió directamente al túnel.
Luego fue abucheado por algunos aficionados por su reacción tras ser sustituido.
Y es probable que Conte esté enfadado porque el jugador no actuó con más profesionalidad cuando Oliver Skipp ocupó su lugar.
Ndombele llegó a los Spurs en el verano de 2019, después de que el conjunto del norte de Londres desembolsara un récord del club de 53,8 millones de libras para hacerse con sus servicios.
Pero su forma ha sido inconsistente en el mejor de los casos y no ha cumplido con las expectativas.
Se dice que ha tenido una relación tensa con cada uno de sus entrenadores en el Tottenham y ha entrado y salido del equipo con todos ellos.
Ndombele, que ha sido internacional en siete ocasiones con su país, ha jugado 91 veces con su actual equipo y ha sumado 10 goles y nueve asistencias.
El verano pasado se le relacionó con equipos como la Juventus y el Bayern de Múnich cuando parecía que iba a abandonar la Premier League.
Al parecer, el francés está descontento con los Spurs, pero aún le quedan tres años y medio de contrato.
Bowden, por su parte, dará a Conte otra opción en el centro del campo tras impresionar en la League Two.
El jugador de 20 años disputó 25 partidos con los Latics, que se encuentran en la parte baja de la tabla.
El internacional irlandés sub-19 encontró el fondo de la red en la derrota por 2-1 ante el Exeter City en noviembre y también acumuló cinco asistencias durante su estancia en el norte.
Bowden, que pasó por la academia de los Spurs, aún no ha debutado en el primer equipo del club de la Premier League, aunque ha aparecido en 37 ocasiones con la selección sub-23.
